In vista del novecentesimo anniversario della consacrazione (avvenuta nel 1120) il Parroco insieme alla Diocesi hanno deciso di avviare importanti lavori di restauro della Cattedrale, che dovrebbero concludersi entro il 2020 per le celebrazioni in ricordo della consacrazione. Per questo è stato predisposto il progetto per la realizzazione di una serie sistematica di interventi di restauro suddivisi per gruppi omogenei di lavorazioni (Unità di Progetto). Unità di Progetto 1: restauro delle coperture, delle strutture del tetto e degli elementi di sostegno del cassonettato ligneo, compresa la messa in sicurezza dello stesso cassonettato; Unità di Progetto 2: restauro delle superfici di facciata e del sagrato; Unità di Progetto 3: restauro e riorganizzazione funzionale degli interni (superfici decorate, beni artistici mobili, infissi, presbiterio, impianti); Unità di Progetto 4: restauro della Cappella dell'Addolorata e della Cappella del Santissimo Nome di Gesù. Il progetto esecutivo è stato approvato dalla Soprintendenza Belle Arti e Paesaggio per le Province di Pisa e Livorno e dalla Soprintendenza Archeologica della Toscana il 9 settembre 2015. Durante l'esecuzione dei lavori sono state presentate ed approvate tre successive varianti. I restauri interni della Cattedrale sono stati terminati per il primo evento inaugurale del 22 settembre 2019. Tutti i lavori realizzati sono stati commisurati alle effettive disponibilità economiche che il Committente ha potuto impegnare per la realizzazione del progetto e sulla base di una attenta valutazione delle priorità, rispetto ad interventi che potevano essere ragionevolmente rinviati. Le verifiche e le indagini effettuate sin dalle prime fasi di cantiere hanno evidenziato problematiche di tipo strutturale che non era stato possibile rilevare nelle fasi della progettazione precedenti l'avvio dei lavori. Questo ha reso necessario integrare la progettazione e riorganizzare la programmazione dei lavori. Alcuni lavori proseguiranno anche successivamente al primo evento di inaugurazione con la realizzazione di alcuni ulteriori interventi sia su parti ed elementi strutturali che su altri aspetti di restauro conservativo.